Уникальная природа государственного природного заповедника «Джугджурский» – это впечатляющие места, похожие на арену тысячелетней борьбы непримиримых природных стихий: бурных рек, воздымающихся гор… Как результат их столкновений, были рождены своеобразные и неповторимые ландшафты.

Противостояние прослеживается и в климате. А причина кроется в хребте Джугджур, который проходит вдоль побережья Охотского моря и является водоразделом бассейна рек, впадающих в Северный Ледовитый океан и Охотское море. Достигая высоты до 2000 метров, он делит территорию на две разные части – прибрежную и континентальную. Континентальная (за хребтом) находится под влиянием резко континентального климата. Прибрежная же больше по площади и характеризуется муссонным климатом; это связано со специфичным режимом циркуляции течений Охотского моря, на берегу которого располагается заповедник. Холодные ветры со стороны моря (оно гораздо холоднее других дальневосточных морей) препятствуют прогреву воздуха. Поэтому лето на побережье не только короткое, но холодное и сырое с частыми туманами.

Помимо капризной погоды регион отличается сложными физико-географическими характеристиками, на которые откладывает отпечаток взаимосвязь моря и гор. Реки захребтовой части несут воды в Северный Ледовитый океан, а прибрежной части – в Охотское море. Рельеф придаёт им характер горных потоков. Во время сильных дождей, а также в период весеннего половодья при быстром таянии снега, реки становятся бурными. Они могут за считанные часы вздуться и выйти из берегов, смывая всё на своём пути.

Озёра заповедника можно разделить на две группы: горные, расположенные в небольших котловинах, и долинные, находящиеся в речных поймах. Сотрудники особенно выделяют озеро Антыкан, вытянувшееся вдоль побережья. Оно имеет огромное значение для заповедника, так как является одним из основных мест жировки водоплавающих и околоводных птиц.

На территории «Джугджурского» находятся карстовые пещеры. В них можно увидеть живописные кальциевые отложения и сталагмиты. А одну из пещер местные жители называют «чёрт топит печку». Дело в том, что и зимой, и летом в ней держится одинаковая температура, а когда на улице крепкий мороз, то из пещеры валит пар. Ранее эвенки его принимали за дым, который якобы идёт от печи самого чёрта.

Несмотря на суровые и непостоянные погодные условия, фауна и флора региона разнообразна. Тем не менее, и здесь существует список видов, редких и находящихся под угрозой исчезновения. В заповеднике считают, что серьёзную угрозу для многих животных, растений и грибов представляют климатические изменения, а также деградация и сокращение мест обитания в результате масштабного хозяйственного освоения территорий и безответственная охота.