Керченский пролив и его берега — удивительнейшая экосистема, поэтому важно, чтобы строительство и эксплуатация Крымского моста шло с заботой об окружающей среде. Для этого ещё на этапе проектирования объекта была проработана специальная программа, и сегодня постоянно работает группа учёных из разных организаций, которые следят за соблюдением всех экологических норм и правил, включая климатический мониторинг.Наблюдения за экосистемой в Керченском проливе, а также Таманском и Динском заливах и других водных объектах, расположенных в районе моста, проводятся ежемесячно и ежеквартально с осени 2015 года. Специалисты <#LINK href="http://www.meteovesti.ru/news/63662835098-krymskogo-mosta-sozdali-meteoradiolokacionnoe-pole" text="берут пробы"> воды, донных отложений, почвы и атмосферного воздуха, замеряют здесь уровень шума, наблюдают за водными биоресурсами, орнитофауной, растительным и животным миром.По действующей экопрограмме автодорога через пролив, открытая для движения машин в мае 2018 года, оборудована комплексами для многоуровневой очистки стоков. На участках трассы, примыкающих к берегам пролива, а это 700 м со стороны Тамани и 1,3 км со стороны Керчи, установлены акустические экраны для защиты окружающей среды от шума транспорта. Вдоль моста после окончательного строительства будут высажены деревья по специальной шумозащитной схеме, сообщается на <#LINK href="http://www.most.life" text="информационном сайте"> строительства Крымского моста. На территориях, прилегающих к действующей автодороге через пролив, создаются привлекательные условия для животных. На мелководных водоёмах на острове Тузла и на озере у Тузлинской косы установлены плавучие дома-плоты для водоплавающих и околоводных птиц, в том числе редких и охраняемых. Эти водоёмы имеют важное значение для пернатых в гнездовой период, во время миграций и зимовок. Кроме того, проект моста разрабатывался с учётом характерной для акватории массовой миграции кефали, ставриды, хамсы и других видов рыб. Косяки рыбы <#LINK href="http://www.meteovesti.ru/news/63670554204-opory-krymskogo-mosta-privlekayut-stai-ryb" text="свободно проходят между опорами масштабной конструкции">. А весной 2018 года во время очередного мониторинга учёные насчитали вблизи Крымского моста ещё и дельфинов – примерно 600 особей. Отдыхающие на Черноморском побережье могли видеть эти игривые стайки. За состоянием ихтиофауны и млекопитающих следят специалисты Азовского научно-исследовательского института рыбного хозяйства.