Прогнозируемое увеличение интенсивности  Эль-Ниньо в течение всего нынешнего  столетия может означать более экстремальные перепады уровня моря, что, как считают  учёные, вызовет   затопления прибрежных районов, эрозию береговой линии и повреждения коралловых рифов.Во время Эль-Ниньо тихоокеанские пассаты  ослабевают, в результате чего уровень моря падает, оставляя коралловые рифы и мелкие острова на поверхности, в контакте с воздухом.Противоположный процесс  происходит во время  охлаждения температуры поверхности воды – явления Ла-Нинья, когда ветры становятся сильнее, волнение океана усиливается, и некоторые острова и рифы, наоборот, уходят под воду. В журнале Nature Geoscience  ведущий автор Патрик Барнард из Геологической службы США предупреждает, что к 2100 году изменения уровня моря будет происходить чаще, в основном это будет вызвано Эль-Ниньо.