Самой опасной для северной столицы стихией является наводнение. С ними стали сталкиваться еще на заре городской климатической истории, при Петре Великом. Наибольшая повторяемость нагона балтийской воды в устье Невы отмечается в осенний период, когда резко возрастает деятельность североатлантических циклонов. Этому способствует рост горизонтальных градиентов температуры в средних широтах. Чаще всего штормовые циклоны над Балтикой возникают или развиваются при вторжении холода на Британские острова, Северное море, юго-западные районы Скандинавии. Большинство наводнений наблюдались при западной форме циркуляции, по классификации Вангенгейма, «Западный перенос». Зимой же, особенно в январе-феврале, наводнения – большая редкость. В XVIII и XIX веках они вообще встречались крайне редко, зимы-то в те времена были холодные, Финский залив сковывал мощный ледовый покров. В XVIII веке было два январских средних по силе наводнения, вода не поднялась выше 160 см от ординара. В XIX веке - четыре наводнения, одно из них сильное (h<200 см). В XX веке - 19 наводнений, 7 из них стали сильными. Последнее опасное зимнее наводнение случилось 9 января 2005 года. В тот день вода в Неве быстро прибывала и всего за несколько часов поднялась выше ординара на 239 см. Для сравнения: во время самого страшного за всю историю наводнения в северной столице 19 ноября 1824 года вода поднималась на 375 см. Способствовала тому необычайно теплая зима. События развивались следующим образом. Накануне Рождества в Санкт-Петербурге было -3, выпало очень много снега. Наутро температура повысилась до +4, снег начал интенсивно таять, со стороны залива задул сильный ветер, порывы которого достигали 20-30 м/сек. Он-то и нагнал в Неву балтийскую воду.