При проектировании и строительстве Комплекса защитных сооружений был предпринят ряд мероприятий, обеспечивающих экологическую безопасность. Пристальное внимание было уделено сохранению естественного гидрологического режима и обеспечению беспрепятственного водообмена между Невской губой и Финским заливом. Не менее важной задачей было избавить водный бассейн от вредоносных последствий эксплуатации автомагистрали, проходящей через сооружения защиты. Разработанная система экологической безопасности на Комплексе уникальна и во многом не имеет аналогов в мире.

Помимо этого, Дирекция Комплекса защитных сооружений поддерживает добрую традицию, позволяющую сохранять и восполнять популяцию различных видов рыб в акватории Финского залива. В частности, 3 ноября 2020 года на территории Комплекса состоялся выпуск 5 063 сеголеток судака и 5400 сеголеток сига в акваторию Финского залива. Искусственное воспроизводство судака и сига, и последующие выпуски в рамках компенсационных мероприятий, проводимые на территории КЗС, позволяют поддерживать промысловые запасы ценных пород рыб.

Как сообщается на сайте Комплекса, данный выпуск состоялся под контролем сотрудников Северо-Западного территориального управления Федерального агентства по рыболовству, специалистов заинтересованных организаций и при участии работников Комплекса.