Система молниезащиты и заземления на строящемся космодроме «Восточный» уникальна. Её разрабатывали с учетом климатических условий Амурской области: было просчитано количество грозовых дней в году и ударов молнии, приходящихся на квадратный километр. Практически вся система состоит из отдельно стоящих молниеотводов. Именно такое расположение обеспечивает высшую категорию защиты стартовой позиции и комплекса заправки. Надёжность обеспечивают высота конструкций и расстояние между ними. На данный момент уже завершены работы на 11 молниеотводах. Специалисты установили восемь молниеотводов высотой 50 метров и три — высотой 18 метров. Также было построено устройство фундаментов для двух 150-метровых молниеотводов. Устройству фундамента, предназначенного для высотных конструкций, уделяется особое внимание. В частности, в фундаменты молниеотводов стартового комплекса было уложено около 450 кубометров высококачественной бетонной смеси.Конструкция молниеотводов имеет решётчатую пирамидальную форму и состоит из нескольких скрепленных между собой металлических секций. Все составные части (весом почти 500 тонн) были доставлены на строительную площадку в виде фрагментов, а затем устанавливались на подготовленный железобетонный фундамент.